売却によって得た上場株式の譲渡益は、申告分離課税として、税率20.315%で課税されます。譲渡損益は、1年間（1月1日から12月31日まで）の上場株式などの売却収入から購入代金や売買手数料などの費用を差し引いて計算します。
　また、上場株式等の譲渡損失や繰越損失と損益通算が可能となっており、損益通算により控除しきれない譲渡損については、3年間の繰越控除をすることができます。
　上場株式等の譲渡損益については、確定申告が原則として必要とされています。
　もっとも、特定口座を開設している場合には、証券会社などから送られる特定口座年間取引報告書によって、簡易に申告を行うことができます。
　また、源泉徴収することを選択した場合には、その特定口座の上場株式等の譲渡による所得は原則として、確定申告は不要です。ただし、他の口座での譲渡損益と相殺する場合や上場株式等に係る譲渡損失を繰越控除する特例の適用を受ける場合には、確定申告をする必要があります。